Une fois que l'on a défini correctement l'écosystème, un terme vient quelque peu nous parasiter : celui d'habitat… Y a-t-il une différence ? Et le cas échéant, où se situe-t-elle ?
On serait tenté de dire que l’habitat d’une espèce, c’est là où elle habite. Définition certes un peu simpliste et qui reste à compléter… L'écosystème, quant à lui, ne concernerait pas seulement un être vivant donné, mais plutôt les interactions entre toutes les espèces qui le peuplent (la biocénose) et le milieu (le biotope). C'est un peu simplifié, mais cela ouvre néanmoins un chemin dans le maquis de ces différentes notions qu'un néophyte peut facilement trouver rebutantes.
Déjà, nous pouvons clairement plus clairement séparer la notion « d’habitat » de celle de « d'écosystème ». Mais tant qu'on y est, qu'en est-t-il du terme de « niche écologique », que l’on entend également assez souvent en écologie.
La niche n’est pas au sens propre l’endroit où vit l’animal, c’est un concept un peu extérieur à notre système d’emboitement qui a cours entre les biomes, les écosystèmes et les habitats… De nombreuses définitions se sont succédées, présentant cette niche soit comme un type d’habitat, soit comme la place d’une espèce dans un réseau d’interactions. Avec le temps, la notion de niche écologique a évolué parallèlement à celle d’écosystème : sans rentrer trop dans les détail, nous retiendrons simplement qu’il s’agit dès lors du « rôle de l’espèce dans un réseau d’interactions » (sa place, son importance dans le transport de la biomasse, dans le recyclage d’un élément…).
E.P Odum (scientifique américain, pionnier dans le domaine de l’écologie) illustre la question de l'habitat en apportant une définition très facile d’accès pour produire une différence imagée entre habitat et niche écologique : « l’habitat d’une espèce serait son “adresse” tandis que sa “niche écologique” parlerait de sa profession ».
