Au début du XVIIe siècle apparaît la biologie telle qu’elle existe aujourd’hui, bien qu’elle ne soit nommée ainsi qu’à la fin du XVIIIe par Lamarck.
La systématique – première classification du vivant – prend naissance avec la publication, en 1735, des « Systèmes naturels » de Carl Von Linné (1707-1778). Le siècle des Lumière ouvre alors grand la voie au rationalisme. À cette époque, la connaissance s’étend du proche au lointain avec les grandes expéditions qui ont jalonné le XVIIIe siècle : James Cook, Bougainville, La Pérouse, etc. Celles-ci furent marquantes d’un point de vue naturaliste, car elles embarquaient avec elles des scientifiques dans le dessein d’inventorier la diversité de la planète : Solander, Banks, Commerson, La Martinière, etc.
Le baron prussien Alexander Von Humboldt (1769-1859), au-delà de cet aspect purement descriptif des espèces, s’attacha à étudier les interactions entre les différents éléments du milieu naturel (relief, climat, végétation) et par l’ensemble de ses écrits a grandement contribué à la construction progressive des principales idées de la biogéographie.
Les travaux de Jean-Baptiste de Lamarck (1744-1829) et de Charles Darwin (1809-1882) fondèrent les bases de la théorie de l’évolution, et en 1866, le naturaliste allemand darwinien Ernst Haeckel inventa le terme d’écologie et son vocabulaire associé.
Ses travaux sont pour beaucoup dans l’origine de l’écologie moderne qui rapidement influença la pensée des géographes de l’époque. La biogéographie est alors la science qui étudie la répartition des êtres vivants, et, la notion d’écosystème, prête à naitre, bouleversera les représentations du monde vivant.
Depuis, le concept de biogéographie a bien évolué. En 1994, Paul Arnould - géographe et biogéographe français - propose une définition complète reposant sur les trois syllabes du mot :
• Bio : relations fonctionnelles et dynamiques entre les êtres vivants et la nature
• Géo : répartition des êtres vivants à la surface du globe, en prenant en compte les lieux, les distances, les flux…
• Graphie : intégration des faits biologiques et géographiques, passés et actuels.
La biogéographie évolue alors vers une branche de la géographie physique et de l’écologie, qui étudie la vie à la surface du globe par des analyses descriptives et explicatives de la répartition des êtres vivants, et plus particulièrement des communautés d’êtres vivants.
Pour parvenir à ses fins, la biogéographie propose plusieurs niveaux de découpages, plus ou moins précis, de la planète. Le globe est d’abord divisé en "Écozones", au nombre de huit. Viennent ensuite les "Biomes". On en dénombre de 7 à 14 selon les auteurs. Ces derniers sont constitués d’unités plus petites nommées "Écorégions". On en compte entre 867 et 874. Chaque zone, quelque soit sa taille, possède ses propres caractéristiques géographiques, faunistiques et floristiques. Mais c’est essentiellement la flore qui a été utilisée pour établir ces zones homogènes car le travail a principalement été effectué à partir d’espèces jouant un rôle physionomique majeur dans la structure des paysages.
La finalité principale de ces différents systèmes de classification consiste à évaluer efficacement le patrimoine biologique d’une région et d’y appliquer ensuite le programme de conservation qui lui convient.